묘적사는 신라 문무왕 때 원효대사가 창건하였다고 전해집니다.

그러나 이를 고증할 만한 기록이나 유물은 현재 남아 있지 않으며, 다만 원효스님과 요석공주에 관한 이야기가 구전될 뿐입니다.

묘적사에 관한 문헌기록으로는 '세종시록'과 '연산국일기', '신증동국여지승람' 등이 있으며,

이들 문헌 기록을 통해 볼 때 묘적사는 조선 초기에는 그 사격이 유지되고 있었음을 간접적으로 알 수 있습니다.

또한 대웅전 앞의 팔각칠층석탑 또한 그 시대의 유물로 추정되고 있습니다.

한편, 절에서 내려오는 말에 의하면 묘적사는 본래 국왕 직속의 비밀 기구가 있던 곳으로,

이곳에 일종의 왕실 신하 비밀요원을 훈련시키기 위한 사찰을 짓고 선발된 인원을 승려로 출가시켜 승려 교육과 아울러 고도의 군사훈련을 받도록 했다는 말도 전해집니다.

그래서 임진왜란 때 일본군의 집중 공격을 받게 되었는데, 그 가운데 두 차례는 잘 막았으나 마지막 한 번의 공격을 막지 못하고 완전 페허가 되었다고 합니다.

대웅전에서 동쪽으로 약 20m 떨어진 곳에는 이제면이라는 사람의 묘와 묘비가 있어,

이를 통해 묘비가 세워졌던 1720년(숙종 46) 무렵에는 절이 거의 페허화되었을 것으로 짐작됩니다.

이후 묘적사가 다시 중건되는 시기는 19세기로 절에 남아 있는 기록 중 '묘적산산신각창건기'에 따르면 1895년(고종 32)에 규오 법사가 산신각을 중건했다고 합니다.

그 뒤 1969년에 화재로 대웅전, 산신각 등이 소실되었다가

1917년 자신스님에 의해 대웅전과 요사가 중건되었습니다.

이후 1976년에 다시 대웅전을 비롯해 관음전과 마하선실을 중건하고,

1979년과 1984년에는 나한전과 산령각을 각각 건립했습니다.